W 1991 roku na Wydziale Budowy Maszyn zostaje przeprowadzona zmiana struktury organizacyjnej. W miejsce dotychczas działających instytutów powołano kilkanaście katedr kierowanych przez samodzielnych pracowników naukowych.

Z części silnikowo-samochodowej Instytutu Technologiczno-Samochodowego powstały trzy katedry:

• Katedra Cieplnych Maszyn Tłokowych, kierowana przez prof. dr hab. inż. Jana A. Wajanda,
• Katedra Budowy Pojazdów, którą do 1994 roku opiekował się profesor Jan A. Wajand,
• Katedra Sterowania i Zasilania Tłokowych Silników Spalinowych, kierowana przez dr hab. inż. Macieja Sobieszczańskiego, prof. PŁ.

W roku akademickim 1994/1995 kierowanie Katedrą Budowy Pojazdów przejął dr hab. inż. Ryszard Andrzejewski, prof. PŁ (przeszedł do pracy w Bielsku-Białej z Instytutu Pojazdów Politechniki Łódzkiej) i kierował nią do końca roku akademickiego 1995/1996. Następnie, od końca 1996 roku do 2000 roku, Katedrą Budowy Pojazdów ponownie opiekował się profesor Jan A. Wajand.

Lata 1996 do 2000 były dla wymienionych Katedr trudnym okresem, co wynikało z podjętej w uczelni decyzji o stopniowej likwidacji bazy laboratoryjnej w obiektach przy ul. Kustronia 99. Katedra Sterowania i Zasilania Tłokowych Silników Spalinowych była pierwszą, która została przeniesiona do budynków przy ul. Willowej 2. Następnie pracownicy Katedry Budowy Pojazdów byli przenoszeni do nowych pomieszczeń osobowych oraz rozpoczęto odtwarzanie laboratoriów pojazdowych przy ul. Willowej 2. Osobowa przeprowadzka Katedry Cieplnych Maszyn Tłokowych miała miejsce w roku akademickim 1999/2000, zaś pomieszczenia laboratoriów dydaktyczno-naukowych Katedra otrzymała w nowym pawilonie laboratoryjnym Wydziału w 2002 roku.

Nim został dokończony proces przenoszenia omawianych katedr z obiektów przy ulicy Kustronia do pomieszczeń przy ulicy Willowej, na Wydziale została przeprowadzona kolejna reorganizacja. Nowa struktura organizacyjna, wprowadzona w 2000 roku, przewidywała 6 silniejszych katedr w miejsce dotychczasowych 11.